市医学重点专科·小儿外科，成立于年，现有床位80张，拥有一批技术力量雄厚、德才兼备的人才队伍和先进的仪器设备，开设了小儿普外、新生儿外科、小儿骨科、小儿泌尿外科、小儿神经外科、小儿胸外等专业组，拥有主任医师5名、副主任医师3名、硕士研究生4名。其中，中华医学会小儿外科分会委员一名，中国内镜医师协会常务理事两名，中国内镜杂志编委一名，省小儿外科协会委员两名。目前，该科已成为淮安及周边地区唯一的小儿外科疾病诊疗中心，其中小儿普外科为淮安市医学临床重点专科，新生儿外科为江苏省妇幼保健临床重点学科。

近十年来，该科充分吸收国内外的先进技术，博采众长，使得业务水平飞速发展。在小儿先天性畸形矫正手术如食管闭锁-气管食管瘘、食道裂孔疝、先天性膈疝、脑积水、先天性脊柱裂、先天性高位无肛腹会阴及骶会阴肛门成形术、小儿先天性肠旋转不良Ladd’s手术、环状胰腺的菱形吻合术、小儿先天性马蹄内翻足及先天性髋关节脱位的矫正、先天性肠闭锁纠治手术、先天性肾积水肾盂输尿管成形术、肾输尿管结石、输尿管囊肿、输尿管异位开口及小儿各种良恶性肿瘤的治疗达到了省内先进水平。小儿腹腔镜微创技术填补了我市空白，运用小儿腹腔镜治疗腹部疾患，如先天性巨结肠根治术、小儿胆总管囊肿Roux-Y吻合术、胆道闭锁的肝门肠吻合术、膈疝修补术、胆囊切除术、胆总管囊肿根治术、疝修补术、阑尾切除术、畸胎瘤切除术、幽门环肌松解术、巨结肠根治术、先天性十二指肠梗阻矫治术及小儿肝母细胞瘤切除术等已达国内先进水平。小儿腹腔镜手术创伤小、预后好、危险低、术后不留疤痕，每年开展两千余例手术，受到了患者的一致好评。